Johannes Bitter begann 1989 mit dem Handballspielen bei der HSG Neuenburg/Bockhorn, war anfänglich Feldspieler, und ging erst 2 Jahre später auf die Torhüterposition. Nachdem Bitter zwischen 1999 und 2002 für die SG/VTB Altjührden (heute HSG Varel) in der 2. Bundesliga Nord spielte, wechselte er zum Wilhelmshavener HV mit dem der Aufstieg in die Bundesliga gelang. Nach nur einer Saison wechselte er erneut zum SC Magdeburg. Seit dem Sommer 2007 spielt er für den HSV Hamburg.
Sein Länderspieldebüt für den DHB gab Bitter am 4. Januar 2002 in Balingen. Seitdem bestritt er 75 Länderspiele, in denen er zwei Tore warf (Stand: 23. Dezember 2007). Im Finale der Weltmeisterschaft 2007 war Johannes Bitter sicherer Rückhalt für das deutsche Team, als er aufgrund der Verletzung des Stammtorhüters Henning Fritz „kalt“ in die Mannschaft kam und dem Finalgegner Polen nach einem 6-Tore-Rückstand den Ausgleichstreffer versagte. Mit dieser Leistung rettete er die auf ein Tor zusammengeschmolzene Führung der deutschen Mannschaft.
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